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随着感染病原精准诊断的兴起，从初起，医院张文宏教授带领的团队在感染病病原精准诊治领域陆续取得了一系列成果，前后共10篇相关SCI论文被多个国际知名期刊接收发表。

作为国内第一家启动感染病原宏基因组学诊断计划的感染科科室，联合华大基因BGI-seq平台。团队的研究聚焦在临床包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等多类病原体，研究范围覆盖包括中枢、血流、呼吸道、局灶感染等多种临床感染类型。为中国感染病宏基因组学病原诊断的临床应用打下了一份坚实的基础。

精准医学（Precisionmedicine）其实并不是一个新兴的概念，自年人类基因组计划启动开始，现代医学就进入了精准医学的领域。

而美国前任总统奥马巴在年StateoftheUnionAddress（国情咨文）上的讲话，则将精准医学推上了台前。

值得欣喜的是，自新英格兰医学杂志在年发表了第一例mNGS诊断中枢钩端螺旋体病例开始。在感染病病原宏基因组精准诊断领域，包括医院，医院，医院，福建医院，医院在内的等多家国内单位都已在该领域发表了众多科研型成果。

年，新英格兰医学杂志时任主编Dr.Baddour曾说到，未来二代测序技术在感染病原中的诊断将起到重要作用。5年过去了，病原宏基因组学时代悄然来临。

其中，中国学者在临床病原宏基因组学领域发表的国际SCI论文数目更是占据了国际总发表数目的约1/4，实力诠释中国的病原宏实力！

pubmed中对于关键词(((((metagenomicsequencing[Title/Abstract])ORnext-generationsequencing[Title/Abstract])ORnextgenerationsequencing[Title/Abstract])ANDinfection[Title/Abstract])ANDdiagnosis[Title/Abstract])ANDenglish[Language]的检索的结果

检索结果示：共检索文献篇，这些研究涵盖病原宏基因组学检测，微生物菌群宏基因组学研究等。而这其中，中国学者所发表的文献共有47篇。而这其中，华山感染在宏基因组学病原诊断这一单一领域发表或接收的相关SCI论文已达到了10篇。（由于检索方式可能存在不同的差异，检索结果可能存在偏差，请读者们谅解）

今天，小编也将通过介绍我科过去几年在该领域的成果，为大家展现华山感染的“精”和“准”。

1

首例确诊人类“猪疱疹病毒”感染

宏基因组学协助跨物种传播病毒感染诊断

年，华山感染团队利用mNGS和免疫学等技术，首次在全球确诊首例人类“猪疱疹病毒”感染，并通过完善的诊断和治疗，该患者最终得以痊愈。该文被国际著名新发传染病杂志EmergingInfectiousDiseases接收。也重新审视了宏基因组学病原诊断技术在跨物种传播感染中的应用价值。

2

mNGS可提高疑难感染性疾病病原诊断能力

病原诊断是临床感染病学诊治的重中之重，张文宏教授团队通过对于宏基因组学的临床实际应用和研究，先后在多个杂志上发表了mNGS协助诊断临床疑难感染性疾病的报道。结合传统实验室检查和临床表现，mNGS可以进一步提高临床医生对于特别临床危重，疑难患者的诊治效率。

3

mNGS可提高中枢感染患者病原诊断效率，并通过半定量动态监测手段，追踪临床标本病原载量

病原载量监测在临床感染病学中仍是一大难点。目前，大部分可用来监测疾病变化的指标，如CRP，PCT等均为实验室的间接指标。通过探索mNGS的半定量方法学，团队人员发现，mNGS的半定量病原序列指标和患者临床表现及实验室指标相一致。这一发现也提示，在未来，规范化mNGS的半定量检测系统可进一步协助临床医生判断患者体内病原体载量，为指导临床治疗提供重要的帮助。

4

对于需借助特殊的染色或免疫学检查等方法进行诊断的呼吸道或血流播散病原体，mNGS对于快速鉴别诊断病原体具有重要意义。

临床感染性疾病中，部分病原体在显微镜视角下较为相似，往往需要临床医务人员凭借丰富的经验，借助特殊的染色或特殊的免疫学检查等方法进行诊断。由此常常增加一些漏诊，误诊的风险。而mNGS在此类疾病中，往往也可以起到迅速鉴别诊断的作用。

在部分全身播散性疾病中，病原体在镜下可有类似的形态，因此，借助mNGS检测手段可进一步避免漏诊、误诊。特别在特定疾病发生率较低的地区，临床医生往往缺乏经验，借助宏基因组学“广”而“全”的筛查特质，可提高诊断效率。

5

在局灶感染中，mNGS在直接检测感染部位的标本中，相较于传统实验室手段具有显著优势

该医院年3月-年12月期间98例怀疑局灶感染（局灶感染部位分布见图A，B)的病人，进行了单中心回顾性研究，比较了mNGS和传统微生物诊断方法（包括培养、病理检查、XpertMTB/RIF等）的病原检出率、检测时间和临床结局。

结果提示：mNGS的敏感性为86.30%，显著高于培养（45.21%）和其他传统微生物诊断方法（57.53%)，几种方法联合检测进一步提高了敏感性；和传统方法相比，mNGS额外检出34种病原体，使临床诊断率提高到了46.58%。

6

在结核感染特别是全身播散性结核感染中，mNGS联合培养及Xpert优于传统实验室结果

肺外结核病起病隐匿，表现不典型，临床诊治率偏低。如何能够快速诊断肺外结核，一直是临床的难点。目前通过已有的GeneXpert乃至GeneXpertUltra等技术，肺外结核的诊断率已经提高至50-75%。但仍有部分患者面临着诊断困难的问题。通过临床前瞻性队列，课题组在研究中进一步发现，mNGS结合Xpert等技术，可进一步提高肺外结核的诊断比例。特别对于血播性结核，mNGS可直接从部分患者外周血中检测到特异性结核序列。这个发现为如何诊断不能耐受有创操作的临床患者提供了新的思路。

7

感染病精准诊断，绝不仅仅只有mNGS,CRISPR诊断感染病原，已露锋芒。

年9月15日，医院感染科与微远基因运用CRISPR技术，快速检测结核分枝杆菌的首篇研究成果被《EmergingMicrobesInfections》接收（年最新影响因子6.2），这也标志着CRISPR-MTB技术可能在未来结核病诊治中扮演着越来越重要的作用。

该结果，一经发表，就引起了广泛的

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